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OVITO中文版是一款功能強大的分子動力學模擬軟件,能夠幫助用戶輕松進行各種分子動力的模擬,為研究分子之間的運動提供了幫助。軟件操作操作簡單便捷,非常適合需要研究分子動力學的用戶,滿足用戶的各種分子運動研究需求。
利用 OVITO 找弗倫克爾缺陷對需要準備兩個文件:一個是結構演化前的坐標文件,一個是結構演化過程的坐標文件(這個是利用 LAMMPS 的 dump 命令進行輸出)。以我上次最后給出的演化示意圖的制作為例,一共用到了 OVITO 的十個功能,我在下方圖中標了出來。具體操作過程如下:
將演化過程的文件導入 OVITO 軟件后,選取下圖2中標注 1 處(Filecontains time series),告訴 OVITO 該文件是個演化過程文件,隨后選擇下圖中標注 2 處(Add modification),這里面幾乎包含了 OVITO 軟件的所有功能,有興趣的同學可以去探索一下。在圖2 中標注 2 處里面找到并選取 Wigner - Seitz defect analysis (這也是 NC 文章中所提到的缺陷分析方法);
接著點擊下圖 標注 5 處導入演化前的結構文件。然后會在圖3 中標注 6 處發現軟件告訴你找到幾個空位和幾個間隙子(一般情況下這兩個值是相等的),繼續點擊圖3 中標注 7 處(播放鍵),OVITO 便會自動統計演化過程中每個時刻產生的空位數目和間隙子數目。
但是,NC 文章中的演化圖中只有空位和間隙子,并不是 Fe 原子 ~,繼續選取 Add modification 處,找到里面的 Expression select(圖4 中標注 8 處),選取后 OVITO 會給你一個方框,在里面填寫 Occupancy==1 (這是告訴 OVITO 讓它將沒有離開晶格位置的 Fe 原子都選中),然后在 2 處選擇 Delete selected particles(圖中標注 9 處),讓 OVITO 將這些 Fe 原子都刪掉,這樣就只剩下空位和間隙子了,接著再次重復一下 Expression select 這個過程,選取 Occupancy == 2 或者 0 (這是告訴 OVITO 讓它將間隙子或者空位都選中),然后在 Add modification 中找到 Assign color(圖4中標注 10 處),給選中的空位或者間隙子賦予自己喜歡的顏色,隨后再次點擊播放鍵,OVITO 將為你展示完整的缺陷演化過程。至于圖2 中標注 3,4 這兩個地方,一個是輸出演化過程視頻文件,一個是輸出單張圖片。
由于本人重復 NC 文章級聯碰撞過程使用的體系很小,所以根本形成不了位錯環,因此很干脆的在 Fe 當中手動的建了一個位錯環,這里再給各位安利一個建模軟件,Atomsk,一款金屬材料界建模利器(多晶,晶界,位錯以及界面等等),有興趣的同學可以百度一下,以下是用 OVITO 展示了我用 Atomsk 建的一個 Fe 的位錯環(導入坐標文件后直接在 Add modification 中選取 Dislocation analysis(DXA)即可):
可以看到 OVITO 不僅幫忙找出了位錯環,而且還能幫忙指出了幾個位錯環,各個位錯環的長度以及其伯格斯矢量(對應 NC 文章的 fig.3)。
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