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　　cytoscape軟件是一款功能強大的開源網絡軟件。該軟件用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，主要可以幫助我們集成，分析和可視化數據，比較適合專業的網絡人員來使用！

【功能特點】

　　公共數據庫客戶端

　　Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數據庫，導入網絡和注釋數據。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數據庫，并導入網絡和注釋數據。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續為熱門數據庫開發新的服務客戶端。

　　互操作性

　　由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數據，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

　　從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創建網絡，應用布局，或圖像導出。

　　會話文件

　　你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數據文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性(節點/邊緣/網絡)、桌面狀態(選擇/隱藏節點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態和可視化風格。

　　布局

　　在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

【更新日志】

　　更快的渲染速度

　　提高了渲染性能，并優化了與大型網絡的交互。Cytoscape現在為多達10,000個節點和3,000,000條邊的網絡提供了交互式用戶體驗。

　　新的面板選項

　　你的Cytoscape工作空間現在可以通過新的工作空間面板系統來定制你的可用屏幕空間。面板現在可以最小化，設置為浮動，或停靠在工作空間中。

　　自定義工具欄

　　您現在可以選擇項目何時出現在工具欄中，減少雜亂無章的情況，并讓您快速訪問最常用的工具。

　　更新的分析器應用程序

　　網絡分析器的核心應用程序已經重新設計。改進了用戶界面，并增加了對Cytoscape自動化的支持，以便于從腳本和分析工作流中訪問。

　　標簽重新定位工具

　　現在可以在網絡視圖中快速直觀地定位標簽。

　　CyBrowser JavaFX更新

　　CyBrowser，Cytoscape 的網頁瀏覽器，已經更新為使用 JavaFX 13。CyBrowser現在與現代網頁和應用程序有更大的兼容性。