雷火电竞官网-中国知名电竞赛事平台

　　PyMOL 是一款專業可視化的三維結構顯示工具，支持多種圖像格式，包括pdb、sdf等，軟件提供了創建相應的分子動畫必備的工具，同時還可以實現自動插值，循環和光線跟蹤幀，圖像幀緩存，慢動作模擬等操作。

【功能亮點】

　　統一的現代用戶界面

　　PyQt接口取代TCL/TK和MacPyMOL在所有平臺上

　　蟒蛇分布

　　更好的第三方插件和自定義腳本支持

　　開放存取激勵可執行文件

　　自由評價政策

【軟件特色】

　　1、提供了強大實用的繪圖工具

　　2、PyMOL支持多種圖像格式，包括PDB、SDF

　　3、生成的PyMOL結構可以導出到VRML

　　4、PyMOL可以使用各種圖像表示方法顯示分子數據

　　5、具有可定制的顏色，結構標簽，可調對象透明度，輸出和控制大小，自動縮放，文本覆蓋和可定制的鼠標控件

【使用教程】

　　文件的打開有兩種方式：一種是將pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一種是從菜單欄File/Open打開文件。打開方式與大多數軟件相似，打開后的結果如下圖。

　　更改模型的顯示方式。點擊all圖層上的H(Hide)標簽，隱藏所有的顯示方式對應的模型;點擊all圖層上的S(Show)標簽，選擇所需的模型顯示方式(這里選擇cartoon);點擊all圖層上的C(Color)標簽，更改模型著色方式，這里選spectrum，顏色選rainbow。下圖是更改顯示方式后的效果。

　　鼠標對模型的操作。常用的鼠標操作方式如下表，選擇合適的顯示視角即可。

　　鼠標操作方式：

　　按下鼠標左鍵拖動：模型圍繞指針旋轉

　　按下鼠標中鍵拖動：平移

　　按下鼠標中鍵拖動：放大縮小

　　圖片的渲染與導出。只需要在命令行輸入“ray 900,900”，隨后按回車鍵即可進行光影著色。這里的數字900是圖片的長和寬的像素數，根據需求自由設置。渲染完成后的效果如下(注意：此時點擊渲染好的圖片又會返回模型編輯模式)。

　　最后，選擇file/Save Image As/PNG...即可導出圖片到指定位置。最終導出的模型的效果結果如下。

【命令語法】

　　PyMOL> keyword argument

　　但并不是所以命令都需要變量，比如退出命令，我們就可以直接輸入PyMOL>quit,然而需要變量的命令依舊占據了大多數，可以分為單變量命令和多變量命令，單變量命令指的是對于某些命令，我們只可以輸入一個變量，比如放大命令zoom，但是同時你會發現不加任何變量這個命令也可以被執行，這是因為PyMOL對單變量命令有一個默認的變量，對于放大命令zoom來說，all就是它的默認變量，即

　　PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all

　　多變量命令可以帶多個變量，比如說假如我想將對象的的顏色變為紅色，我們可以使用 PyMOL>color red這個命令，但是操作后我們會發現這樣的命令沒有辦法指定某一部分變色，于是我們可以選中我們需要的部分，采用以下的命令

　　PyMOL>color green，sele

　　這里的sele就是除了顏色以外的第二個變量。

【更新日志】

　　V2.2.0（2018.7.24）

　　新版特征：

　　具有基本樣式（顏色、表示、標簽）的MAE出口

　　群層次的MAE導出

　　核酸誘變向導

　　具有屬性的MAE導出

　　圖形界面：

　　對象菜單中的分組：A>組>…

　　從序列查看器更新二級結構：右擊> SS>…

　　原子右鍵單擊>對象>禁用其他

　　開放源碼PyMOL更新：

　　shaders移植和相關的圖形代碼從pymol：激勵

　　改進的標簽：多線支持，背景顏色，連接器（_ *各種標簽設置）

　　支持背景圖像（圖像文件名_ _ BG）

　　透明（透明度_階獨立模式（3）

　　固定棒_球設置

　　“線”的碰撞與固定在低端的圖形驅動程序

　　移動到GitHub的代碼庫

　　bug修復：

　　雙通配符選擇（A*B*C）https://sourceforge.net/p/pymol/bugs/209/

　　APBS插件：4位坐標處理（例如x>＝1000）

　　SDF出口：不要寫零級債券

　　批處理模式：https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/36301454/

　　狀態之間的距離測量