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　　Cytoscape是款簡單實用的生物信息分析軟件。用戶可以通過這款軟件整合模塊化網絡和生物科學聯系網絡圖的繪制，有喜歡的用戶不要錯過了。

【使用說明】

　　一、輸入文件

　　支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導出圖像，樣式可以做豐富的調整，智能的選擇過濾。

　　1、 edge文件格式：

　　tsv（制表符分隔的txt是一樣的），csv（逗號分隔的），xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節點，第三列是目標節點，第二列是兩者的相互作用關系，這里的作用關系標示了不同類型，在后面的網絡設置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數字，怎樣轉換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個問題，后面解釋。

　　2、 node屬性文件

　　可以導入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數字替換成可視化的簡單的基因名字。

　　二、導入數據

　　可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學習，也可以直接選擇空的network用來導入數據，例如我選擇了Arabidopsis，就出現了如下的界面，圖示的是一個已經做好的網絡的例子：

　　用戶界面

　　1、 導入數據

　　2、 導入屬性文件

　　3、 布局

　　三、高級功能

　　1、調整樣式

　　（1）基本樣式

　?。?）節點樣式

　　（3）邊樣式

　　2、改節點名稱

　　3、改邊的顏色

　　4、調控網絡各項指標統計

　　得到的結果會出現在一個新的面板當中：

　　5、改變節點大小

　　這里需要強調很重要的一點是，在對這里的改變節點大小進行操作之前，如果是想通過節點連接的邊的數量進行梯度設定的話，是必須要進行上面第四步的統計分析的，否則沒有Degree選項出現：

　　雙擊上面梯度設置的區域可以出來控制面板進行修改：

　　四、選擇過濾

　　1、節點的選擇

　　?2、子網絡的選擇與分離

　　六、導出圖片

　　數據的導出可以是網絡文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標的形態，下圖所示的左側兩個是快速導入文件的圖標：

　　生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達分析

　　Cytoscape還可以導入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數據所以將網絡上學到的圖片做了幾個截圖：

　　八、其它

　　Cytoscape提供了很多外接的數據庫，右鍵點擊相應節點，出現的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數據庫：

　　此外，基于大量功能強大的插件的開發，以下的功能也很全面：

　　GO分析：BiNGO

　　Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

　　模塊與復合物分析：jActiveModules+BiNGO