網友評分: 9.2分
Primer Premier是一款由加拿大的Premier公司開發的專業用于PCR或測序引物以及雜交探針的設計評估軟件,其主要界面是分為序列編輯窗口(Genetank),引物設計窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和紋基分析窗口(Motif)。該軟件分為四大塊,尤其常用的是引物設計、限制性內切酶位點分析和DNA 基元(motif)查找。
“Premier”的主要功能分四大塊,其中有三種功能比較常用,即引物設計、限制性內切酶位點分析和DNA 基元(motif)查找。“Premier”還具有同源性分析功能,但并非其特長,在此略過。此外,該軟件還有一些特殊功能,其中最重要的是設計簡并引物,另外還有序列“朗讀”、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。
有時需要根據一段氨基酸序列反推到DNA 來設計引物,由于大多數氨基酸(20 種常見結構氨基酸中的18 種)的遺傳密碼不只一種,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列時,會遇到部分堿基的不確定性。這樣設計并合成的引物實際上是多個序列的混和物,它們的序列組成大部分相同,但在某些位點有所變化,稱之為簡并引物。遺傳密碼規則因物種或細胞亞結構的不同而異,比如在線粒體內的遺傳密碼與細胞核是不一樣的。“Premier”可以針對模板DNA 的來源以相應的遺傳密碼規則轉換DNA 和氨基酸序列。軟件共給出八種生物亞結構的不同遺傳密碼規則供用戶選擇,有纖毛蟲大核(Ciliate Macronuclear)、無脊椎動物線粒體(Invertebrate Mitochondrion)、支原體(Mycoplasma)、植物線粒體(Plant Mitochondrion)、原生動物線粒體(Protozoan Mitochondrion)、一般標準(Standard)、脊椎動物線粒體(Vertebrate Mitochondrion)和酵母線粒體(Yeast Mitochondrion)。
其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點分析及基元查找功能比較簡單,點擊該功能按鈕后,選擇相應的限制性內切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按確定即可。常見的限制性內切酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制性內切酶或基元。
進行引物設計時,打開DNA序列后點擊按鈕primer,出現“search criteria”窗口,有多種參數可以調整。搜索目的(Seach For)有三種選項,PCR 引物(PCR Primers),測序引物(Sequencing Primers),雜交探針(Hybridization Probes)。搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer,或Both),或者成對查找(Pairs),或者分別以適合上、下游引物為主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外還可改變選擇區域(Search Ranges),引物長度(Primer Length),選擇方式(Search Mode),參數選擇(Search Parameters)等等。使用者可根據自己的需要設定各項參數。如果沒有特殊要求,建議使用默認設置。然后按search,隨之出現的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時,再按OK,這時搜索結果以表格的形式出現,有三種顯示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成對顯示(Pairs)。默認顯示為成對方式,并按優劣次序(Rating)排列,滿分為100,即各指標基本都能達標。
點擊其中一對引物,如第1#引物,并把上述窗口挪開或退出,顯示“Peimer Premier”主窗口, 所得結果分三部分,最上面是圖示PCR 模板及產物位置,中間是所選的上下游引物的一些性質,最下面是四種重要指標的分析,包括發夾結構(Hairpin),二聚體(Dimer),錯誤引發情況(False Priming),及上下游引物之間二聚體形成情況(Cross Dimer)。當所分析的引物有這四種結構的形成可能時,按鈕由變成,點擊該按鈕,在左下角的窗口中就會出現該結構的形成情況。一對理想的引物應當不存在任何一種上述結構,因此最好的情況是最下面的分析欄沒有,只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度,可參考應用。
在需要對引物進行修飾編輯時,如在5’端加入酶切位點,可點擊,然后修改引物序列。若要回到搜索結果中,則點擊按鈕。如果要設計簡并引物,只需根據源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規則,反推至DNA 序列即可。對簡并引物的分析不需像一般引物那樣嚴格??傊?,“Premier”有優秀的引物自動搜索功能,同時可進行部分指標的分析,而且容易使用,是一個相當不錯的軟件。
安裝Primer Premier 6解壓crack,看里面有一個crack的txt文件,打開,按照上面的說明來操作。
1.把crack這整個壓縮包剪切到軟件相應目錄下:
Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600
2.然后從電腦的“開始”中找到運行,或直接按“windows+R”,輸入cmd,打開dos系統
3.輸入d: 回車
4.然后輸入(鼠標右鍵粘貼)
cd 回車
5.再輸入“java -jar patcher.jar”回車
標簽: 引物設計軟件
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